En 1821, tras la consumación e la independencia de México, la Real y Pontificia Universidad de México fue objeto de debates entre conservadores y liberales.
Los conservadores opinaban que dicha institución debía permanecer, ya que la educación jugaba un papel importante en la conformación del naciente país; por su parte, los liberales consideraban desaparecerla pues, para ellos, simbolizaba la autoridad de la corona española y el retroceso educativo que distinguía al virreinato.
Fue hasta 1833, cuando el entonces vice-presidente Valentín Gómez Farías, quien era medico graduado de la Universidad de Guadalajara, declaro la clausura de la Universidad y, el 23 de octubre de ese año, creo el Establecimiento de Ciencias Médicas.
Dicho establecimiento se convirtió en una antesala de la Facultad de Medicina. Con ese decretó, Gómez Farías – que, en su calidad de vicepresidente, fusiono las carreras de médico y de cirujano.
En 1937, durante el gobierno del General Lázaro Cárdenas, se estableció el Día del Medico el 23 de octubre, para hacerlo coincidir con la creación del Establecimiento de Ciencias Médicas del doctor Gómez Farías.