La Fiscalía en México aprobó 16 órdenes de aprehensión contra los militares involucrados en la desaparición de los 43 estudiantes docentes de Ayotzinapa.
La Jueza Segunda de Distrito en Procesos Penales Federales con domicilio en Toluca, Estado de México, Raquel Ivette Duarte Cedillo, aprobó las providencias por los delitos de delincuencia organizada y desaparición forzada.
En las órdenes están incluidos el excomandante del Batallón de Infantería 41, coronel Rafael Hernández Nieto, así como soldados de los Batallones de Infantería 27 y 41.
El 26 de septiembre de 2014, cuarenta y tres estudiantes varones desaparecieron del Colegio Rural de Maestros de Ayotzinapa luego de haber sido secuestrados a la fuerza en Iguala, Guerrero, México. Presuntamente fueron detenidos por policías locales de Iguala y Cocula en connivencia con el crimen organizado. El secuestro masivo ha provocado continuas protestas internacionales y malestar social, lo que llevó a la renuncia del gobernador de Guerrero, Ángel Aguirre Rivero, ante las protestas en todo el estado el 23 de octubre de 2014.
Los estudiantes se habían apoderado anualmente de varios autobuses para viajar a la Ciudad de México para conmemorar el aniversario de la masacre de Tlatelolco de 1968; la policía intentó interceptar varios de los autobuses usando barricadas y disparando armas. Los detalles siguen sin estar claros sobre lo que sucedió durante y después del control de carretera, pero la investigación del gobierno concluyó que cuando 43 de los estudiantes fueron detenidos y entregados al cartel de drogas local Guerreros Unidos (“United Warriors”) y probablemente asesinados. Esta versión oficial del gobierno mexicano es cuestionada. La Comisión Interamericana de Derechos Humanos (CIDH) reunió a un panel de expertos que realizó una investigación de seis meses en 2015. Afirmaron que la afirmación del gobierno de que los estudiantes fueron asesinados en un basurero porque los confundieron con miembros de una droga pandilla era “científicamente imposible”.
Las autoridades mexicanas también afirmaron que José Luis Abarca Velázquez, alcalde de Iguala y miembro del Partido de la Revolución Democrática (PRD), planeó el secuestro con su esposa, María de los Ángeles Pineda Villa, ya que querían evitar que perturbaran actos de campaña realizados en la ciudad, aunque ninguno de ellos fue juzgado por la desaparición de los estudiantes. Ambos se dieron a la fuga tras el hecho, fueron detenidos aproximadamente un mes después en la Ciudad de México por el asesinato del activista Arturo Hernández Cardona. El jefe de policía de Iguala, Felipe Flores Velásquez, también fue detenido en Iguala el 21 de octubre de 2016.
El 7 de noviembre de 2014, el fiscal general de México, Jesús Murillo Karam, dio una conferencia de prensa en la que anunció que se habían encontrado varias bolsas de plástico junto a un río en Cocula que contenían restos humanos, posiblemente de los estudiantes desaparecidos. Al menos 80 sospechosos han sido arrestados en el caso, 44 de los cuales eran policías. Dos estudiantes han sido confirmados muertos después de que sus restos fueran identificados por la Universidad de Innsbruck, con sede en Austria. Otras fuentes han alegado un encubrimiento, afirmando que el Batallón de Infantería 27 del Ejército Mexicano estuvo directamente involucrado en el secuestro y asesinato. Este es el caso de la periodista de investigación Anabel Hernández, quien afirma que dos de los buses transportaban heroína a escondidas, sin el conocimiento de los estudiantes. Afirmó que un capo de la droga ordenó al coronel del batallón interceptar las drogas; los estudiantes, testigos del ataque, fueron asesinados como daño colateral. También hay informes que vinculan a las fuerzas federales con el caso, algunos afirman que el personal militar en el área se abstuvo deliberadamente de ayudar a los estudiantes en peligro.
El 3 de diciembre de 2018, el recién electo presidente Andrés Manuel López Obrador anunció la creación de una comisión de la verdad, para liderar nuevas investigaciones sobre los hechos. En junio de 2020, José Ángel Casarrubias Salgado, conocido como “El Mochomo”, líder del cartel Guerreros Unidos, fue detenido bajo sospecha de ser el responsable de los secuestros y asesinatos. En septiembre de 2020, el gobierno anunció que buscaba el arresto en Israel y la extradición del exfuncionario Tomas Zeron, uno de los autores de la “verdad histórica” oficial, que ha sido ampliamente rechazada por las familias de los estudiantes. En agosto de 2022, Jesús Murillo Karam fue detenido por múltiples cargos (tortura, desaparición forzada y delitos contra la administración de justicia) durante su gestión como fiscal general. Ese mismo mes, la Comisión de la Verdad alegó que seis de los estudiantes fueron retenidos con vida antes de ser entregados a un comandante del ejército local, quien ordenó que los mataran.